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GA (0, 2017-08-06)
GA\my_fitness.m (176, 2017-08-06)
GA\my_ga.m (5341, 2017-08-06)
GA\test_ga.m (1326, 2017-08-06)

## [遗传算法 - 简书](http://www.jianshu.com/p/8a965c04c787#) 遗传算法的理论是根据达尔文进化论而设计出来的算法: 人类是朝着好的方向(最优解)进化,进化过程中,会自动选择优良基因,淘汰劣等基因。 [**遗传算法**](https://zh.wikipedia.org/wiki/%E9%81%97%E4%BC%A0%E7%AE%97%E6%B3%95)(英语:genetic algorithm (GA) )是计算数学中用于解决最佳化的搜索算法,是[进化算法](https://zh.wikipedia.org/wiki/%E8%BF%9B%E5%8C%96%E7%AE%97%E6%B3%95)的一种。进化算法最初是借鉴了[进化生物学](https://zh.wikipedia.org/wiki/%E8%BF%9B%E5%8C%96%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6)中的一些现象而发展起来的,这些现象包括**遗传、突变、自然选择、杂交**等。 [搜索算法](http://baike.baidu.com/item/%E6%90%9C%E7%B4%A2%E7%AE%97%E6%B3%95)的共同特征为: 1. 首先组成一组候选解 1. 依据某些适应性条件测算这些候选解的[适应度](http://baike.baidu.com/item/%E9%80%82%E5%BA%94%E5%BA%A6) 1. 根据[适应度](http://baike.baidu.com/item/%E9%80%82%E5%BA%94%E5%BA%A6)保留某些候选解,放弃其他候选解 1. 对保留的候选解进行某些操作,生成新的候选解  **遗传算法的一般步骤** 1. **my_fitness函数** 评估每条染色体所对应个体的适应度 2. 升序排列适应度评估值,选出 **前 parent_number 个** 个体作为 **待选 parent 种群**(适应度函数的值越小越好) 3. 从 **待选 parent 种群** 中随机选择 2 个个体作为父方和母方。 4. 抽取父母双方的染色体,进行交叉,产生 2 个子代。(交叉概率) 5. 对子代(**parent + 生成的 child**)的染色体进行变异。(变异概率) 6. 重复3,4,5步骤,直到新种群(**parent_number + child_number**)的产生。 循环以上步骤直至找到满意的解。 **名词解释** - 交叉概率:两个个体进行交配的概率。例如,交配概率为0.8,则80%的“夫妻”会生育后代。 - 变异概率:所有的基因中发生变异的占总体的比例。 ## GA函数 ```matlab function [best_fitness, elite, generation, last_generation] = my_ga( ... number_of_variables, ... % 求解问题的参数个数 fitness_function, ... % 自定义适应度函数名 population_size, ... % 种群规模(每一代个体数目) parent_number, ... % 每一代中保持不变的数目(除了变异) mutation_rate, ... % 变异概率 maximal_generation, ... % 最大演化代数 minimal_cost ... % 最小目标值(函数值越小,则适应度越高) ) % 累加概率 % 假设 parent_number = 10 % 分子 parent_number:-1:1 用于生成一个数列 % 分母 sum(parent_number:-1:1) 是一个求和结果(一个数) % % 分子 10 9 8 7 6 5 4 3 2 1 % 分母 55 % 相除 0.1818 0.1636 0.1455 0.1273 0.1091 0.0909 0.0727 0.0545 0.03*** 0.0182 % 累加 0.1818 0.3455 0.4909 0.6182 0.7273 0.8182 0.8909 0.9455 0.***18 1.0000 % % 运算结果可以看出 % 累加概率函数是一个从0到1增长得越来越慢的函数 % 因为后面加的概率越来越小(数列是降虚排列的) cumulative_probabilities = cumsum((parent_number:-1:1) / sum(parent_number:-1:1)); % 1个长度为parent_number的数列 % 最佳适应度 % 每一代的最佳适应度都先初始化为1 best_fitness = ones(maximal_generation, 1); % 精英 % 每一代的精英的参数值都先初始化为0 elite = zeros(maximal_generation, number_of_variables); % 子女数量 % 种群数量 - 父母数量(父母即每一代中不发生改变的个体) child_number = population_size - parent_number; % 每一代子女的数目 % 初始化种群 % population_size 对应矩阵的行,每一行表示1个个体,行数=个体数(种群数量) % number_of_variables 对应矩阵的列,列数=参数个数(个体特征由这些参数表示) population = rand(population_size, number_of_variables); last_generation = 0; % 记录跳出循环时的代数 % 后面的代码都在for循环中 for generation = 1 : maximal_generation % 演化循环开始 % feval把数据带入到一个定义好的函数句柄中计算 % 把population矩阵带入fitness_function函数计算 cost = feval(fitness_function, population); % 计算所有个体的适应度(population_size*1的矩阵) % index记录排序后每个值原来的行数 [cost, index] = sort(cost); % 将适应度函数值从小到大排序 % index(1:parent_number) % 前parent_number个cost较小的个体在种群population中的行数 % 选出这部分(parent_number个)个体作为父母,其实parent_number对应交叉概率 population = population(index(1:parent_number), :); % 先保留一部分较优的个体 % 可以看出population矩阵是不断变化的 % cost在经过前面的sort排序后,矩阵已经改变为升序的 % cost(1)即为本代的最佳适应度 best_fitness(generation) = cost(1); % 记录本代的最佳适应度 % population矩阵第一行为本代的精英个体 elite(generation, :) = population(1, :); % 记录本代的最优解(精英) % 若本代的最优解已足够好,则停止演化 if best_fitness(generation) < minimal_cost; last_generation = generation; break; end % 交叉变异产生新的种群 % 染色体交叉开始 for child = 1:2:child_number % 步长为2是因为每一次交叉会产生2个孩子 % cumulative_probabilities长度为parent_number % 从中随机选择2个父母出来 (child+parent_number)%parent_number mother = find(cumulative_probabilities > rand, 1); % 选择一个较优秀的母亲 father = find(cumulative_probabilities > rand, 1); % 选择一个较优秀的父亲 % ceil(天花板)向上取整 % rand 生成一个随机数 % 即随机选择了一列,这一列的值交换 crossover_point = ceil(rand*number_of_variables); % 随机地确定一个染色体交叉点 % 假如crossover_point=3, number_of_variables=5 % mask1 = 1 1 1 0 0 % mask2 = 0 0 0 1 1 mask1 = [ones(1, crossover_point), zeros(1, number_of_variables - crossover_point)]; mask2 = not(mask1); % 获取分开的4段染色体 % 注意是 .* mother_1 = mask1 .* population(mother, :); % 母亲染色体的前部分 mother_2 = mask2 .* population(mother, :); % 母亲染色体的后部分 father_1 = mask1 .* population(father, :); % 父亲染色体的前部分 father_2 = mask2 .* population(father, :); % 父亲染色体的后部分 % 得到下一代 population(parent_number + child, :) = mother_1 + father_2; % 一个孩子 population(parent_number+child+1, :) = mother_2 + father_1; % 另一个孩子 end % 染色体交叉结束 % 染色体变异开始 % 变异种群 mutation_population = population(2:population_size, :); % 精英不参与变异,所以从2开始 number_of_elements = (population_size - 1) * number_of_variables; % 全部基因数目 number_of_mutations = ceil(number_of_elements * mutation_rate); % 变异的基因数目(基因总数*变异率) % rand(1, number_of_mutations) 生成number_of_mutations个随机数(范围0-1)组成的矩阵(1*number_of_mutations) % 数乘后,矩阵每个元素表示发生改变的基因的位置(元素在矩阵中的一维坐标) mutation_points = ceil(number_of_elements * rand(1, number_of_mutations)); % 确定要变异的基因 % 被选中的基因都被一个随机数替代,完成变异 mutation_population(mutation_points) = rand(1, number_of_mutations); % 对选中的基因进行变异操作 population(2:population_size, :) = mutation_population; % 发生变异之后的种群 % 染色体变异结束 end % 演化循环结束 ``` ## 适应度函数 适应度函数由解决的问题决定。 举一个平方和的例子。  求函数的最小值,其中每个变量的取值区间都是 [-1, +1]。 问题的最优解:每个 x_i 都等于0。 ```matlab function y = my_fitness(population) % population是随机数[0,1]矩阵,下面的操作改变范围为[-1,1] population = 2 * (population - 0.5); y = sum(population.^2, 2); % 行的平方和 ``` ## 测试 ```matlab clear; close all; % 调用 my_ga 进行计算 % 求解问题的参数个数 10 % 自定义适应度函数名 my_fitness % 种群规模 100 % 每一代中保持不变的数目 50 (即交叉率0.5) % 变异概率 0.1 (1/10的个体发生变异) % 最大演化代数 10000 10000代 % 最小目标值 1.0e-6 个体适应度函数值 < 0.000001结束 [best_fitness, elite, generation, last_generation] = my_ga(10, 'my_fitness', 100, 50, 0.1, 10000, 1.0e-6); % 输出后10行 % disp(best_fitness(9990:10000,:)); % disp(elite(9990:10000,:)) % 这样是不合适的,因为GA常常在中间就跳出循环了 % 这样才是合适的输出 disp(last_generation); i_begin = last_generation - 9; disp(best_fitness(i_begin:last_generation,:)); % 将elite值转化为问题范围内 my_elite = elite(i_begin:last_generation,:); my_elite = 2 * (my_elite - 0.5); disp(my_elite); % 最佳适应度的演化情况 figure loglog(1:generation, best_fitness(1:generation), 'linewidth',2) xlabel('Generation','fontsize',15); ylabel('Best Fitness','fontsize',15); set(gca,'fontsize',15,'ticklength',get(gca,'ticklength')*2); % 最优解的演化情况 figure semilogx(1 : generation, 2 * elite(1 : generation, :) - 1) xlabel('Generation','fontsize',15); ylabel('Best Solution','fontsize',15); set(gca,'fontsize',15,'ticklength',get(gca,'ticklength')*2); ``` ## 输出 注意:这些值都是不确定的。 ```matlab >> test_ga 2035 // last_generation 跳出循环 // best_fitness 后10行 0.268244559363828 0.268244559363828 0.268244559363828 0.268244559363828 0.268244559363828 0.268244559363828 0.268244559363828 0.268244559363828 0.268244559363828 0.063540829423325 // elite 后10行,最后一行为想要的解 Columns 1 through 7 -0.000383439136218 -0.000401508032900 0.000097444596325 0.000337256996077 -0.0000***973174152 0.000120384223563 0.00011703***2***49 -0.000383439136218 -0.000401508032900 0.000097444596325 0.000337256996077 -0.0000***973174152 0.000120384223563 0.00011703***2***49 -0.000383439136218 -0.000401508032900 0.000097444596325 0.000337256996077 -0.0000***973174152 0.000120384223563 0.00011703***2***49 -0.000383439136218 -0.000401508032900 0.000097444596325 0.000337256996077 -0.0000***973174152 0.000120384223563 0.00011703***2***49 -0.000383439136218 -0.000401508032900 0.000097444596325 0.000337256996077 -0.0000***973174152 0.000120384223563 0.00011703***2***49 -0.000383439136218 -0.000401508032900 0.000097444596325 0.000337256996077 -0.0000***973174152 0.000120384223563 0.00011703***2***49 -0.000383439136218 -0.000401508032900 0.000097444596325 0.000337256996077 -0.0000***973174152 0.000120384223563 0.00011703***2***49 -0.000383439136218 -0.000401508032900 0.000097444596325 0.000337256996077 -0.0000***973174152 0.000120384223563 0.00011703***2***49 -0.000383439136218 -0.000401508032900 0.000097444596325 0.000337256996077 -0.0000***973174152 0.000120384223563 0.00011703***2***49 -0.000383439136218 -0.000401508032900 0.000097444596325 0.000337256996077 -0.0000***973174152 0.000120384223563 0.00011703***2***49 Columns 8 through 10 -0.000362***5135942 -0.001433818552852 0.000176675571817 -0.000362***5135942 -0.001433818552852 0.000176675571817 -0.000362***5135942 -0.001433818552852 0.000176675571817 -0.000362***5135942 -0.001433818552852 0.000176675571817 -0.000362***5135942 -0.001433818552852 0.000176675571817 -0.000362***5135942 -0.001433818552852 0.000176675571817 -0.000362***5135942 -0.001433818552852 0.000176675571817 -0.000362***5135942 -0.001433818552852 0.000176675571817 -0.000362***5135942 -0.001433818552852 0.000176675571817 -0.000362***5135942 -0.000093799483467 0.000176675571817 ``` ## 趋势图 最佳适应度函数的值  elite 的变化趋势,10条折线 -> 10个变量  ## 文章参考 [科学网 - 一个用matlab实现的50行的遗传算法程序](http://blog.sciencenet.cn/blog-3102863-1029280.html)

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