新建文本文档.zip

# water with Cu (1.Cu, 2.O, 3.H) #-------------初始------------ Dimension 3 #维度为3维 units real #模型为真实的原子模型 boundary p p f #x,y边界为周期边界条件，正方向为固定边界条件 atom_style full #定义了模拟体系中的原子属性 pair_style lj/cut/coul/long 10.0 12.0 #势函数 kspace_style pppm 1.0e-4 #长程力计算 kspace_modify slab 3.0 #长程力计算定义(默认计算方式不可用) bond_style harmonic #键型为harmonic健 angle_style harmonic #键角为harmonic角 #-------------------原子参数定义------------------- read_data Cuandh2o.data #在data文件中读取原子参数定义 pair_coeff 2 2 0.1553 3.166 #pair_coeff为力场系数定义，力场系数可以通过查表获得 pair_coeff 3 3 0.0 0.0 pair_coeff 2 3 0.0 0.0 pair_coeff 1 1 0.0 0.0 pair_coeff 1 2 0.1923 2.753 pair_coeff 1 3 0.0 0.0 bond_coeff 1 540.6336 1.0 #键长（原子间距）定义 angle_coeff 1 50 109.47 #键角定义 #---------------------------设定参数--------------------------- timestep 1.0 #时间步长为1ps group water type 2 3 #水的组分为2(液态)3(气态) group Cu type 1 #铜的组分为1 neighbor 2.0 bin #接触表面 neigh_modify every 1 delay 0 check yes #接触表面自定义参数 dump 1 all xyz 5000 0.xyz #每经过5000步长输出一次信息 #--------------------------动力学计算-------------------------- velocity Cu set 0.0 0.0 0.0 sum yes #铜原子初速度为0（表示为沿3个坐标轴方向） fix 1 Cu setforce 0.0 0.0 0.0 velocity water creat 298 908113 dist gaussian rot yes units box fix 2 water shake 0.0001 10 0 b 1 a 1 fix 3 water nvt temp 298 298 100 #水温恒定为298k compute new water temp fix_modify 3 temp new fix zwalls all walls/reflect zhi EDGE zlo EDGE units box #在z方向固定底面且原子不会通过边界扩散 thermo 5000 #每5000个时间步长输出结果到屏幕和log themo_modify temp new compute 1 water com fix 4 water ave/time 2000 1 2000 e_1 file com.out mode vector fix 5 water recenter INIT INIT NULL units box #液体区域水分子中心位置x，y方向可以自由移动，z方向固定 restart 50000 restart real run 1000000 #运行10 000 000步 fix 6 water ave/spatial 100 4000 400000 x lower 2 y lower 2 z 14 1 fensity/mass #将空间范围内水分子的分布和密集度记录到指定文件 &file xz.density dump 2 all image 200000 image.*.jpeg type type view 90 0 size 4000 4000 zoom 1.5 #定义图片记录的参数 &box no 0.0 Dump_modify 2 acolor * darkgoldenrod/red/white adiam a 1.5 adiam 2 1.5 #定义个组分的颜色1(铜)深金色2(液态水)红色3(气态水)白色 ru