speciesatlas

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种集图集 为给定区域和给定物种制作生物多样性图集。 使用包装 要使用此软件包,您必须具有: 包含您的数据的dataFrames列表。 每个dataFrame代表一个分类单元,并且至少必须包含这些具有完全相同名称的列: Species ( Species名称), Long (经度), Lat (纬度)和Taxo.group (分类单元的名称)。 一个RasterStack,其中包含有关您要研究的区域的环境数据。 它必须包含一个alt列,以及其他4个要在其上运行研究的参数的列。 根据几种气候情景,列出了带有有关未来的环境数据的RasterStacks列表。 按照此顺序,您的列表必须包含不同的年份,然后是不同的rcp方案,最后是不同的气候模型。 每个RasterStack必须包含与当前RasterStack相同的变量。 您的API密钥位于计算机根目录下的.Renviron文件中。 更多信
speciesatlas-master.zip
内容介绍
# speciesatlas # Producing an atlas of the biodiversity for a given area and for given species. ## Using the package To use this package, you must have : - a list of dataFrames containing your data. Each dataFrame stands for a taxon and must contains at least these columns with the exact same names : `Species` (name of the specie), `Long` (Longitude), `Lat` (Latitude) and `Taxo.group` (name of the taxon). - a RasterStack containing environmental data about the area you want to study. It has to contain an `alt` column, and 4 others columns with parameters you want to run the study on. - a list of RasterStacks with environmental datas about the future, according to several climate scenarios. In this order, your list must contain the different years, afterthat the different rcp scenarios and finally the different climate models. Every RasterStack must contain the same variables as the RasterStack for the present. - your API Keys in an .Renviron file at the root of your computer. More informations at <https://ropensci.github.io/taxize-book/authentication.html> - a directory called `maxent` containing the file `maxent.jar` There are more information about how to use the package in the description files `fun.main.Rd` and `Ratlas-package.Rd`. ## Results The area we tested the package is Madagascar and the taxons are **Lemurs** and **Baobabs**. We obtain one atlas page for every specie, in the PDF or Bookdown format. ![](inst/img/PDF.PNG) ![](inst/img/Bookdown.PNG) ## Licence The package is available under the GNU General Public License version 3 (see `LICENSE` file).
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