pinetree:Pinetree - 一种植物 miRNA 靶标浏览器

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  • 2022-06-14 03:09
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PINETREE - 由 Manuel Reis 1.0 版开发的植物 miRNA 目标浏览器 在本地配置要运行的程序: bash 配置文件 要运行搜索程序,只需键入: ./pinetree -t path/to/transcript/file -m path/to/mirna/file 要运行反目标评分程序,请键入: ./pinetree_evo -t path/to/transcript/file -m path/to/mirna/file 您可以直接在脚本中修改其他参数,或者使用 CONFIG 文件。 如果您需要有关可以使用的参数的更多信息,只需键入: ./松树* -h
pinetree-master.zip
  • pinetree-master
  • constants.h
    1.6KB
  • evo.h
    830B
  • model.h
    1.6KB
  • accessibility.c
    2KB
  • fasta.h
    164B
  • strmap.h
    13KB
  • RNAup_cmdl.h
    16.8KB
  • fasta.c
    1.2KB
  • RNAup_cmdl.c
    71.9KB
  • pinetree.c
    7.4KB
  • pinetree_evo.c
    1.9KB
  • configure.sh
    459B
  • pinetree_evo_cmdl.c
    5.5KB
  • accessibility.h
    349B
  • RNAup.h
    404B
  • align.c
    7.3KB
  • pinetree_utils.h
    759B
  • util.c
    6.6KB
  • CONFIG
    371B
  • LICENSE
    3KB
  • dataset.c
    811B
  • config.h
    4.3KB
  • model.c
    6.7KB
  • types.h
    128B
  • README.md
    549B
  • pinetree_cmdl.c
    8.8KB
  • pinetree_cmdl.h
    249B
  • strmap.c
    14.8KB
  • util.h
    1010B
  • makefile
    1.1KB
  • annotation.h
    232B
  • RNAup.c
    38.7KB
  • align.h
    1.1KB
  • dataset.h
    295B
  • .gitignore
    385B
  • pinetree_evo_cmdl.h
    230B
  • annotation.c
    629B
  • evo.c
    4.5KB
  • pinetree_utils.c
    1.9KB
内容介绍
PINETREE - a Plant miRNA Target Explorer Developed by Manuel Reis mreis@kdbio.inesc-id.pt Version 1.0 Configure locally the program to run: bash configure.sh To run the search program, simply type: ./pinetree -t path/to/transcript/file -m path/to/mirna/file To run the anti-target scoring program, type: ./pinetree_evo -t path/to/transcript/file -m path/to/mirna/file You can modify other parameters directly in the script, or using the CONFIG file. If you need more information on the parameters you can use, simply type: ./pinetree* -h
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